生殖器,从生殖器上看,公巴西龟的生殖器离腹甲的距离较远,而母龟生殖器离腹甲的距离较近;体型尾巴,同年龄的母巴西龟的体型会被公龟要大,尾巴短小,公龟体型短小,尾巴细长;腹甲背甲,公龟的背甲长,腹甲向内凹陷,雌龟腹甲较短较快,背甲向内凹陷。
可以观察小巴西龟的生殖器来区分公母,正常情况下,公巴西龟的泄殖孔会生长在尾巴上,离腹甲的距离较远,泄殖孔呈长方形。而母的巴西龟泄殖孔也生长在尾巴上,但会离腹甲的后缘较近,泄殖孔呈圆形。
在小巴西龟年龄一致的前提下,可以通过观察体型来区分公母。一般情况下,同年龄的母的巴西龟体型与公龟相比要大一些,尾巴生长的短小,公龟体型小巧且尾巴生长的粗长。
观察小巴西龟的腹甲和背甲也能很好的区分公母,一般公的巴西龟背甲较长,较宽较窄,腹甲会向内陷,母龟的背甲生长的较长,较短较宽,且腹甲生长的较为平坦,上手触摸后就能明显感觉到二者的差异。
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